Kutatásainkban központi téma a kisvizek kutatása, valamint néhány kiemelt vízi élőlénycsoport (fitoplankton, fitobentosz, makrogerinctelenek) ökológiai vizsgálata terepi, kísérletes, környezeti DNS alapú és modellezési módszerekkel. Kiemelten foglalkozunk az invazív algafajokkal, a ritka- és a kulcsfajokkal. Strukturális és funkcionális közösségi elemzéseinkből elsősorban alapkutatási, de alkalmazott kutatási eredményeink is születnek, melyek rámutatnak vizeink természeti értékeire és biodiverzitásuk megőrzésének módjára is. Mindezek mellett hazai és nemzetközi együttműködések keretein belül paleolimnológiai vizsgálatokban, mezokozmosz és ökotoxikológiai kísérletekben veszünk részt a klímaváltozás, az invázió és az eutrofizáció hatásainak megértéséhez.