A kutatócsoport technológiai vagy élettani szempontból releváns anyagi rendszerek elméleti vizsgálatával foglalkozik. A részecskék közötti kölcsönhatásokat modellezzük molekuláris szinten, és kiszámítjuk a rendszer emergens tulajdonságait a statisztikus mechanika eszközeivel, elsősorban számítógépes szimulációkkal (molekuláris dinamika, Monte Carlo).
A tanulmányozott rendszerek molekuláris méretű csatornák/pórusok és nanorészecskék rendezett struktúrái. A nanopórusok például az ionok transzportját teszik lehetővé egy membrán két oldala között. A nanopórus falára felvitt töltéseloszlás segítségével a nanopórus tulajdonságai szabályozhatóak a szelektivitástól az egyenirányításig. A pórus falára felvitt funkciós csoportok segítségével a nanopórus szenzorként alkalmazható. A réteges agyagásványok (pl. kaolinit) interkalációja és delaminációja segítségével fejlett adszorpciós és katalitikus tulajdonságokkal rendelkező szervetlen nanoszerkezetek állíthatók elő.
A különböző interkalációs reagenseknek a kaolinit rétegközi terébe való beépülési jellemzőit vizsgáljuk. Egyes zeolitok adszorpciós és permeációs tulajdonságait vizsgáljuk, hogy meghatározzuk egyensúlyi és transzport-szelektivitási tulajdonságaikat. A részecskék alakjától függően a folyadékok különböző rendezett fázisokat (pl. folyadékkristályok) hoznak létre. Folyadékok orientációs és térbeli rendeződéseit vizsgáljuk szűk pórusokban. A részecske alakját és a pórus szélességét változtatva érdekes felületi és fázisegyensúlyi jelenségeket találhatunk.




KUTATÓCSOPORT VEZETŐ
Dr. Boda Dezső
igazgató, egyetemi tanár
Elérhetőségek
Tevékenység és Infrastruktúra
HPC (HP Cluster)
Természettudományi központ | Komplex Molekuláris Rendszerek Kutatócsoport
Kutatási terület: Molekuláris modellezés, számítógépes szimuláció, molekuláris dinamika, Monte Carlo
High-Performance Computing erőforrás. Párhuzamos (mpi, openMP) számításokra is alkalmas clusterszámítógép (számítógépfürt): 16 worker node, 268 processzormaggal, nodeonként 4-64 GB memóriával. A többfeladatos kötegelt futtatásokhoz TORQUE erőforrás-kezelő és Maui feladatütemező áll rendelkezésre, Ubuntu szerver operációsrendszerrel. Előre telepített programkódok és saját programok is futtathatók rajta.
Gromacs
Természettudományi központ | Komplex Molekuláris Rendszerek Kutatócsoport
Kutatási terület: Molekuláris modellezés, számítógépes szimuláció, molekuláris dinamika, Monte Carlo
Ingyenes és nyílt forráskódú, párhuzamosított szoftvercsomag nagy teljesítményű molekuladinamikai szimulációkhoz és különböző molekuláris szimulációs elemzésekhez. Többféle szimulációs eljárást kínál, melyekhez előkészítő és elemző eszközök is bőségesen rendelkezésre állnak a programcsomagban.
LAMMPS
Természettudományi központ | Komplex Molekuláris Rendszerek Kutatócsoport
Kutatási terület: Molekuláris modellezés, számítógépes szimuláció, molekuláris dinamika, Monte Carlo
A LAMMPS egy klasszikus molekuladinamikai szoftver, amelynek fő felhasználási területe az anyagtudományi modellezés. A LAMMPS a szilárd anyagok (fémek, félvezetők) és a lágy anyagok (biomolekulák, polimerek), valamint a durva szemcsés vagy mezoszkopikus rendszerek esetén is kínál lehetőségeket, molekuláris szimulációk elvégzésére. Használható atomi szintű modellezésére, vagy általánosabban párhuzamos részecskeszimulátorként atomi, mezo- vagy kontinuum léptékben.

Együttműködő partnerek
- Dirk Gillespie (Rush University Medical Center, Chicago)
- Jadran Vrabec (Faculty of Process Sciences, Technische Universität Berlin)
- Gerardo Odriozola (Universidad Autónoma, Metropolitana-Azcapotzalco, Mexico)

Kiemelt publikációk
- Zs. Sarkadi, D. Fertig, M. Valiskó, D. Boda. The Dukhin number as a scaling parameter for selectivity in the infinitely long nanopore limit: extension to multivalent electrolytes. J. Mol. Liq. 357:119072, 2022.
- D. Boda, M. Valiskó, D. Gillespie. Modeling the device behavior of biological and synthetic nanopores with reduced models. Entropy, 22(11):1259, 2020.
- T. Kristóf, Zs. Sarkadi, Z. Ható, G. Rutkai. Simulation study of intercalation complexes of kaolinite with simple amides as primary intercalation reagents. Comp. Mat. Sci. 143:118-125, 2018.
- P. Gurin, G. Ordiozola és S. Varga: Enhanced two-dimensional nematic order in slit-like pores, New J. Phys., 23: 063053, 2021.


